基于CRISPR的单细胞转录组测序技术研究

    基于CRISPR的单细胞转录组测序技术关键是将干预结果分配给不同的细胞(图3)。在获得CRISPR干扰文库及相应细胞转录组数据后， 依赖sgRNA在文库中的索引(indexes)来确定表型与相关扰动基因的对应关系。为了确定表型与相关扰动基因的因果关系， scRNA-Seq筛选平台通常在表达sgRNA的质粒中加入向导标签(guide barcode，GBC)， 建立sgRNA/GBC库， 间接确定表型与相关扰动基因的因果关系， 例如Perturb-Seq[45]、 MosaicSeq[46]。 CROP-Seq(CRISPR droplet sequencing)[47]通过在3′长末端重复序列(long terminal repeat， LTR)
处设计直接表达sgRNA， Direct capture PerturbSeq[48]通过在逆转录过程中添加特定靶向引物， 二者具有直接读取sgRNA的优势， 直接确定表型与相关扰动基因的因果关系。